Český fotbal měl mít původně v osudí pouze dva zástupce, představitelé svazu však vzhledem k velkému zájmu klubů požádali o přidělení dalšího místa a UEFA jim vyhověla.
Zájem startovat v Poháru Intertoto potvrdily Liberec, Bohemians, Slavia, Brno, Synot, Příbram, Olomouc, Teplice, Blšany a Opava. Rozhodovat bude umístění v konečné ligové tabulce za mužstvy, která si zajistí účast v Lize mistrů a v Poháru UEFA.
Program českých celků v úvodních kolech Intertoto Cupu:
1. kolo (22.- 30. června): ČR 2 - Izrael, Moldavsko - ČR 3.
2. kolo (6.- 14. července): ČR 1 - Portugalsko 3/Arménie, ČR
2 (v případě postupu) - Bulharsko/Wales, ČR 3 (v případě postupu) - Švédsko/Slovinsko.
3. kolo (20.- 27. července) - vše v případě postupu: Německo
1 - ČR 1, ČR 2 - Portugalsko 1/Slovensko/Ázerbájdžán, ČR 3 - Francie 3/Maďarsko/Litva.