Dále působil v Kroměříži, Baníku Ostrava a v Havířově. Odtud ho získalo Uherské Hradiště. Po sestupu Uherského Hradiště přestoupil do Karviné. Do Českých Budějovic přišel z Karviné v roce 1997. Za České Budějovice odehrál 167 zápasů.
Celkem nastoupil ve 160 zápasech v nejvyšší soutěži a nastřílel tři branky. Ve druhé lize sehrál 70 utkání a připsal si dva góly.
Z Českých Budějovic měl odejít už letos v zimě, ale nakonec zůstal v Českých Budějovicích i na jaře. Pokud by Penner odešel do ruského týmu, bylo by to pro něj první zahraniční angažmá v kariéře. "Má zájem odejít," potvrdil hráčovy úmysly manažer českobudějovického klubu Milan Čadek.
Klub podle Čadka Pennerovi přislíbil, že mu v přestupu nebude bránit.