O složení dvojic pro čtvrté i závěrečné páté kolo rozhodlo losování v sídle Evropské fotbalové unie (UEFA) ve švýcarském Nyonu. První zápasy čtvrtého kola se budou hrát 26. července, odvety 2. srpna. Šest mužstev se poté utká o tři postupová místa do prvního kola Poháru UEFA v termínu 8. a 22. srpna.
Trenér Blšan Miroslav Beránek k případnému souboji jeho týmu s Olomoucí ve čtvrtém kole Intertoto cupu poznamenal: "Je předčasné o podobném zápasu uvažovat, ale pokud k němu dojde, bylo by to jen potvrzení kvalit celého českého fotbalu. Navzdory všem kritikům naše kluby postupují do dalších pohárových kol i přesto, že v kádru nemají zvučná jména zahraničních posil. A pokud by všechno dobře dopadlo a některý z týmů postoupil do finále Intertota, pak už by to byl opravdu velký úspěch."
Dvojice pro 4. kolo:
Utkání A: Slaven Belupo (Chorv.)/Sigma Olomouc - Chmel Blšany/FC Kalamata (Řec.).
Utkání B: Racing Lens (Fr.)/VfB Stuttgart - Standard Lutych/SV Salcburk.
Utkání C: Zenit Petrohrad/Tatabanya (Maď.) - Bradford City (Angl.)/RKC Waalwijk (Niz.).
Utkání D: Celta Vigo (Šp.)/Pelister Bitola (Mak.) - Marila Příbram/Aston Villa.
Utkání E: Ceahlaul Piatra Neamt (Rum.)/Austria Vídeň - Aalborg BK (Dán.)/Udinese (It.).
Utkání F: Rostov (Rus.)/Auxerre (Fr.) - CS Sedan-Ardennes (Fr.)/VfL Wolfsburg (Něm.).
5. kolo ("finále" Intertota):
vítěz A - vítěz E, vítěz D - vítěz C, vítěz F - vítěz B.