V roce 1996 se zastoupení v soutěži vzdala Anglie, o rok později se k ní přidalo několik dalších zemí v čele s Itálií, Španělskem a Portugalskem. Svého místa se tehdy zřekl i Českomoravský fotbalový svaz. Vedení UEFA tehdy dokonce uvažovalo, že Intertoto Cup kvůli nezájmu klubů zruší. "Pohled na seznamy a úroveň přihlášených celků není každoročně příliš potěšitelný a navíc nic nenasvědčuje tomu, že by se situace měla v dalších letech změnit. Soutěž trpí zejména absencí mužstev z fotbalově vyspělých zemí," komentoval situaci generální sekretář UEFA Gerhard Aigner.
I proto sáhl v roce 1998 evropský řídicí orgán k další změně herního systému. Účastníci Intertota nebyli poprvé v historii rozděleni do skupin, ale utkali se podle tradičního schématu evropských pohárů, vyřazovacím systémem hned od prvního kola. Systém byl ušit na míru klubům fotbalových velmocí, neboť ty byly nasazeny až do druhého či třetího kola. Do Poháru UEFA postoupily tři celky, dalším krokem k větší atraktivitě soutěže bylo vylepšení finančních podmínek.
Možnosti dodatečně se probojovat do Poháru UEFA zatím využila především francouzská mužstva, která se od roku 1995 kvalifikovala v sedmi případech. Vyplatilo se to zejména fotbalistům Girondins Bordeaux, kteří se v sezóně 1995/96 v Poháru UEFA dostali až do finále, teprve pak zastavil jejich tažení mnichovský Bayern. Fotbalistům Boby Brno naopak tehdejší účast v Intertotu posloužila jako argument k omluvě nevydařené podzimní části ligové soutěže.
České kluby zatím v uplynulých pěti letech v Intertoto Cupu nijak výrazně neprorazily. Loni Českou republiku reprezentovali opět fotbalisté Brna a také Hradec Králové. Východočeši vypadli hned v prvním kole s běloruským Gomelem Minsk, Brno, nasazené do druhého kola, se ze soutěže odporoučelo vzápětí poté, co jeho hráči nestačili na švýcarský klub FC Basilej. Letos se letní pohárové soutěže zúčastní tři české kluby - Olomouc hraje v prvním kole s arménským Araksem, Příbram a Blšany byly nasazeny do druhého kola.
Největší pozornost loňského Poháru Intertoto poutala účast vítěze Ligy mistrů z roku 1996 a finalisty stejné soutěže z let 1997 a 1998 Juventusu Turín. 'Stará dáma' skončila v lize až šestá a neuspěla ani v baráži o účast v Poháru UEFA s týmem Udine. Cestu do pohárové Evropy otevřel Juventusu právě až Intertoto Cup.
