V případě postupu do druhého kola potká tým, v pavouku soutěže označen jako "ČR3", soupeře ze Švýcarska. V druhém kole vstoupí do soutěže také týmy "ČR2" a "ČR1". V prvním případě se český klub střetne s vítězem utkání celků ze San Marina a Estonska, druhého čeká zápas s vítězem utkání klubů z Polska a Irska. V případě postupu do třetího kola české týmy narazí na soupeře z Francie, Španělska a Německa.
O právo hrát v Intertoto Cupu se uchází Blšany, Příbram, Brno, Olomouc i Staré Město. Jejich pořadí bude stanoveno na základě konečné prvoligové tabulky; účast si vybojují ti, kteří se umístí na třech místech za kluby, jež si vstupenku do pohárové Evropy zajistí na základě umístění v lize, případně v Poháru ČMFS.
Na základě jejich pořadí jim budou přidělena čísla vylosovaných. Podle současné tabulky by do Evropy zamířily Synot (ČR1), Příbram (ČR2) a Brno (ČR3). Nedostalo by se na Blšany a Olomouc.
Los Intetoto cupu pro kluby z Česka
1. kolo (21./22. a 28./29. června)
ČR3 - klub z Arménie
2. kolo (5./6. a 12./13. července)
Švýcarsko - vítěz ČR3/Arménie
ČR2 - vítěz San Marino/Estonsko
ČR1 - vítěz Polsko/Irsko
