Na evropském šampionátu Bulhaři totálně propadli, pod vedením kouče Plamena Markova prohráli v základní skupině všechny tři zápasy se Švédskem, Dánskem i Itálií a byli vyřazeni. Nedlouho po návratu z Portugalska došlo u bulharského národního mužstva k trenérské změně a týmu se ujal Stoičkov.
Devětatřicetiletý Stoičkov, držitel Zlatého míče pro nejlepšího evropského fotbalistu za rok 1994, v poslední světové kvalifikaci skončil s Bulharskem v osmé základní skupině na třetím místě za prvním Chorvatskem a druhým Švédskem, za sebou bulharští reprezentanti nechali jen Maďarsko, Island a Maltu.
Temperamentní Stoičkov, který je považován za strůjce bulharského úspěchu na mistrovství světa 1994 v USA, kde Bulhaři získali bronzové medaile, na sebe po roce ve funkci pozornost přitáhnout dokázal.
V září nařkl šéfa Evropské fotbalové unie (UEFA) Lennarta Johanssona ze Švédska, že využil svého vlivu ke zmanipulování vzájemného zápasu Švédsko - Bulharsko 3:0. Už v březnu Bulhaři prohráli se Švédskem doma také 0:3. Za své zářijové výroky dostal Stoičkov zákaz koučování týmu ve čtyřech zápasech.
Stoičkov patřil rovněž k oporám slavné Barcelony, s níž vyhrál Ligu mistrů, někdejší Pohár vítězů národních pohárů a pětkrát bulharský titul s mužstvem CSKA Sofie.
Poslední aktivní sezonu strávil Stoičkov v americké profesionální soutěži MSL v dresu Chicaga Fire. Poté pracoval v Barceloně, kde pomáhal trénovat juniory. Během aktivní kariéry působil rovněž v klubech Mariča Plovdiv, Parma, Al Nasr v Saudské Arábii a v japonském celku Kašiwa Reysol.