Dosud klub užíval logo bezplatně.
Původně si nárokovali užívání loga i Bohemians 1905. Úřad průmyslového vlastnictví však nedávno přehodnotil rozhodnutí z konce května, podle nějž mohli logo s klokanem užívat pouze fotbalisté vršovického týmu. Výhradním majitelem loga je nyní tělovýchovná jednota Bohemians Praha.
Ta má licenční smlouvu s FC Bohemians Praha z roku 2005, který je však v konkurzu. Podle této smlouvy může pro fotbalové účely správce konkurzní podstaty pronajmout logo subjektu, který působí v první či druhé lize. Druhý prvoligový klub Bohemians 1905 má své vlastní logo.