Rozhodl o tom los v Nyonu. Úvodní zápasy 3. kola Poháru UEFA se hrají 18. a 19. února, odvety jsou na programu o týden později 26. února. Zároveň byly rozlosovány dvojice pro osmifinále.
V osudí bylo čtyřiadvacet postupujících ze základních skupin, které doplnilo osm týmů ze třetích míst Ligy mistrů.
K vítězům základních skupin Poháru UEFA byla nalosována mužstva ze třetích míst téže soutěže. Druzí v pořadí ze základních skupin mají za soupeře týmy z Ligy mistrů.
Do vyřazovací části nepostoupil žádný z českých klubů. Nejdál se dostala Slavia, která ve skupině nestačila na Aston Villu, Hamburk a Ajax.
Ten ve 3. kole nastoupí proti Fiorentině, která Slavii v srpnu nepustila do Ligy mistrů.
Aston Villa půjde proti CSKA Moskva, ale slávistický útočník Tomáš Necid, který do ruského klubu v lednu přestoupí, hrát znovu proti anglickému týmu nemůže.
Hamburk s Davidem Jarolímem vyzve Nijmegen. Marek Jankulovski z AC Milán nastoupí proti týmu z Brém. Čeští reprezentanti Libor Sionko a Zdeněk Pospěch z FC Kodaň si budou moci zahrát proti nejdražšímu hráči anglické ligy Robinhovi z Manchesteru City. Českého záložníka Tomáše Hübschmana ze Šachtaru Doněck čeká atraktivní souboj proti Tottenhamu.
Zároveň byly rozlosovány dvojice pro osmifinále. Pokud se Barošovi a spol. podaří vyřadit franzouzský klub. může být jejich soupeřem David Jarolím. To však Hamburk musí zdolat Nijmegen.
3. kolo Poháru UEFA
| Paříž St. Germain | Wolfsburg | ||
| FC Kodaň | Manchester City | ||
| Nijmegen | Hamburk | ||
| Sampdoria Janov | Metalist Charkov | ||
| Braga | Standard Lutych | ||
| Aston Villa | CSKA Moskva | ||
| Lech Poznaň | Udine | ||
| Olympiakos Pireus | St. Etienne | ||
| Fiorentina | Ajax Amsterdam | ||
| Aalborg | La Coruňa | ||
| Brémy | AC Milán | ||
| Bordeaux | Galatasaray | ||
| Dynamo Kyjev | Valencie | ||
| Petrohrad | Stuttgart | ||
| Marseille | Twente Enshede | ||
| Šachtar Doněck | Tottenham |
OSMIFINÁLE - 12. března a 18./19. března
| Brémy/AC Milán | Olympiakos/St. Etienne | ||
| Aston Villa/CSKA Moskva | Šachtar Doněck/Tottenham | ||
| Lech Poznaň/Udine | Petrohrad/Stuttgart | ||
| Paris St Germain/Wolfsburg | Braga/Standard Lutych | ||
| Dynamo Kyjev/Valencie | Sampdoria/Charkov | ||
| Kodaň/Manchester City | Aalborg/La Coruňa | ||
| Marseille/Twente | Fiorentina/Ajax | ||
| Nijmegen/Hamburk | Bordeaux/Galatasaray |
